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伯豪生物
真核轉(zhuǎn)錄組測序
 電子資料  調(diào)研問卷

技術(shù)簡介

對于真核生物來說,在具備參考基因組的情況下,基于 Illumina HiSeq 平臺的 mRNA 測序能夠快速獲得基因表達譜;基于測定的序列可以同時對 cSNP、可變剪接等轉(zhuǎn)錄本的序列及結(jié)構(gòu)信息進行高精度地分析;另外對于檢測低豐度轉(zhuǎn)錄本和發(fā)現(xiàn)新轉(zhuǎn)錄本具有其獨特的優(yōu)勢。

伯豪優(yōu)勢

樣本處理:超過 200 種樣本的 RNA 抽提經(jīng)驗;易降解樣本、微量樣本的抽提解決方案;

文庫構(gòu)建:兼容組織、細胞、FFPE、血漿、外泌體等特殊樣本的建庫能力;

質(zhì)控管理:ISO9001 認證,Illumina CSPro 認證;

數(shù)據(jù)分析:學術(shù)界權(quán)威的算法和流程;針對 mRNA、lncRNA 和 circRNA 的整合分析;靈活的定制分析。

實驗流程

實驗設(shè)計——樣本取材——RNA 抽提——polyA 富集——文庫構(gòu)建——測序——數(shù)據(jù)分析

樣本要求

樣本類型:total RNA

樣本總量:≥2μg

樣本濃度:≥50 ng/ul

推薦數(shù)據(jù)量:≥6Gb/ 樣本

分析流程

真核轉(zhuǎn)錄組測序分析流程圖

真核轉(zhuǎn)錄組測序分析流程劃分

案例展示


案例一

研究成果

曹雪濤研究團隊研究發(fā)現(xiàn) RNA 解螺旋酶 DDX 家族成員 DDX46 可以與干擾素轉(zhuǎn)錄本結(jié)合,并阻止其出核,致使干擾素轉(zhuǎn)錄本不能進入細胞質(zhì)進行翻譯,而在細胞核內(nèi)大量累積,進而表現(xiàn)出 DD46 對天然免疫反應(yīng)的負調(diào)控。DDX46 與干擾素的結(jié)合是通過與 RNA 去甲基化酶 ALKBH 作用實現(xiàn)的,DDX46 在抗病毒免疫反應(yīng)中會招募大量的 ALKBH,ALKBH 能夠清除干擾素轉(zhuǎn)錄本上的甲基化修飾。DDX46 與 ALKBH 共同作用,完成了對Ⅰ型抗病毒反應(yīng)中干擾素轉(zhuǎn)錄本的 m6A 去甲基化并將其捕獲于細胞核中,導(dǎo)致 IFN- β 表達顯著減少,機體的天然免疫反應(yīng)受到抑制。該研究提出了一種新的天然免疫與炎癥調(diào)控機制,為病毒感染和炎癥性疾病的防治提供了新的潛在靶標與思路,上海伯豪生物助力完成了轉(zhuǎn)錄組可變剪接的分析部分。

案例一研究成果

▲敲除 DDX46 增強抗病毒天然免疫反應(yīng)

參考文獻

原文出處:Zheng Q,Hou J,Zhou Y,Li Z,Cao X. The RNA helicase DDX46 inhibits innate immunity  by entrapping m6A-demethylated adtiviraltranscripts in the nucleus. Nat Immunol.2017.



案例二

研究背景

近年來我國的乳腺癌發(fā)病率持續(xù)上升,其中三陰性乳腺癌(triple negative breast cancer,TNBC) 是惡性程度較高的一種乳腺癌亞型。TNBC 是指雌激素受體(ER)、孕激素受體(PR) 和人表皮生長因子受體 2(Her-2) 均為陰性。TNBC 侵襲力極強,遠處轉(zhuǎn)移風險大,預(yù)后極差。目前 TNBC 治療以化療為主,手段比較單一,極易復(fù)發(fā)和轉(zhuǎn)移。與其他類型乳腺癌相比,內(nèi)分泌治療和分子靶向治療對三陰性乳腺癌均無效。因此三陰性乳腺癌的診斷手段和個性化治療選擇是研究人員關(guān)注的重要問題。

研究成果

上科院的研究人員通過 RNA-seq(由上海伯豪生物提供技術(shù)服務(wù))對三陰性乳腺癌(TNBC) 進行轉(zhuǎn)錄組學分析。研究發(fā)現(xiàn) IL6 的高度異常表達以及 JAK2/STAT3 的持續(xù)活化可能是 TNBC 發(fā)生遠端轉(zhuǎn)移的重要原因。研究還發(fā)現(xiàn)是 Wwox 而非 SOCS3 在 TNBC 發(fā)生 IL6/JAK2/STAT3 信號通路持續(xù)活化過程起特異性抑制作用。一系列功能實驗結(jié)果表明 Wwox 是通過與 JAK2 的結(jié)合來阻止 JAK2 和 STAT3 的磷酸化,從而降低 STAT3 的活性,進而抑制乳腺癌細胞的增殖和轉(zhuǎn)移。進一步試驗表明 Wwox 可以抑制 STAT3 結(jié)合到 IL- 6 啟動子區(qū)域從而抑制 IL- 6 蛋白高表達。該研究證明了 Wwox 對腫瘤細胞 JAK2/STAT3 的高磷酸化和持續(xù)活化具有較強的抑制作用,Wwox 有望成為 TNBC 個體化治療的新靶點。

真核轉(zhuǎn)錄組測序分析流程案例二研究結(jié)果

參考文獻

Renxu Chang, Lele Song, Yi Xu. et al. Loss of Wwox drives metastasis in triple-negative breast cancer by JAK2/STAT3 axis. Nature Communications. 2018.



案例三

研究背景

玉米一般指玉蜀黍(學名:Zea may L.),是禾本科、玉蜀黍?qū)僦参?。據(jù)國家統(tǒng)計局 2017 年公示數(shù)據(jù),2017 年全國糧食總產(chǎn)量 12358 億斤,其中玉米達 4318 億斤,占據(jù)了糧食總產(chǎn)三分之一強。可見,玉米在我國的糧食安全中具有舉足輕重的作用。玉米胚乳是主要的營養(yǎng)儲存組織,是發(fā)育高度分化的組織。但是目前胚乳發(fā)育和營養(yǎng)代謝的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)仍然不是很清楚。

研究成果

宋任濤教授以玉米經(jīng)典籽粒突變體 opaque11 為研究對象,通過圖位克隆,發(fā)現(xiàn) O11 編碼了胚乳特異的 bHLH 轉(zhuǎn)錄因子。通過 RNA-Seq(上海伯豪提供)與 ChIP-Seq 分析,解析了 O11 的下游調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。結(jié)果發(fā)現(xiàn) O11 不僅直接調(diào)控胚乳發(fā)育和營養(yǎng)代謝的關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子,還直接調(diào)控 cyPPDKs 和多種碳水化合物代謝酶。研究篩選和鑒定到多個與 O11 直接互作的蛋白,其中 ZmICE1 和 O11 協(xié)同調(diào)控冷脅迫應(yīng)答相關(guān)的基因以及植物發(fā)育中重要信號開關(guān) ZmYODA。此外研究還發(fā)現(xiàn),O11 作為關(guān)鍵調(diào)控因子,協(xié)調(diào)了胚乳細胞發(fā)育、儲藏物代謝和逆境響應(yīng)等生物學過程,是胚乳整體基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的核心調(diào)控節(jié)點。

真核轉(zhuǎn)錄組測序案例一研究結(jié)果展示

參考文獻

Fan Feng, Weiwei Qi, Yuandan Lv. et al. Opaque11 Is a Central Hub of the Regulatory Network for Maize Endosperm Development and Nutrient Metabolism. Plant Cell. 2018.

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